情况描述：工程项目质量存在缺陷，发包人因各种原因放弃修复，从承包人扣除整改费用。母公司欲与其子公司签订合同，同时子公司将其产生的实际费用和从承包方扣除的整改费用分别确认为成本和收入。 请分析：母公司能否与其子公司签订合同，同时子公司将其产生的实际费用和从承包方扣除的整改费用能否分别确认为成本和收入？请提供相关的法律依据和解释。

一、母公司能否与其子公司签订合同 - 法律依据：根据《公司法》第十四条规定，公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。这意味着母公司和子公司在法律上是相互独立的法人实体。既然是独立的法人主体，在符合法律法规和商业规则的前提下，双方是可以签订合同的。 - 解释：在商业实践中，母公司与子公司签订合同是较为常见的商业行为。例如，母公司可能将某些业务外包给子公司，或者与子公司进行资产交易、技术服务等方面的合作。只要合同的签订是基于双方的真实意愿，合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且符合商业合理性，那么这种合同签订行为就是合法有效的。不过，在签订合同的过程中，双方应当遵循公平、公正、公开的原则，避免出现利益输送等不正当行为。

二、子公司将其产生的实际费用确认为成本 - 法律依据：成本核算应遵循合法性原则、可靠性原则等。合法性原则指计入成本的费用都必须符合法律、法令、制度等的规定，不合规定的费用不能计入成本；可靠性原则包括真实性和可核实性，真实性就是所提供的成本信息与客观的经济事项相一致。 - 解释：如果子公司在处理工程项目质量缺陷问题的过程中，实际发生了与该事项相关的、符合成本核算原则的费用，例如人工费用、材料费用、设备使用费用等，这些费用是为了完成整改工作而实际支出的，并且有相应的凭证和记录可以证明其真实性和合理性，那么子公司将这些实际费用确认为成本是符合法律规定和会计原则的。 三、子公司将从承包方扣除的整改费用确认为收入 - 法律依据：根据相关税务规定和会计原则，企业的收入应当是企业在日常经营活动中形成的、会导致所有者权益增加的、与所有者投入资本无关的经济利益的总流入。收入的确认需要满足一定的条件，如收入的金额能够可靠地计量、相关的经济利益很可能流入企业等。 - 解释：在本案例中，如果发包人从承包人扣除的整改费用是基于合法的合同约定和扣款依据，并且子公司确实承担了整改工作的责任和义务，那么子公司将这部分扣除的整改费用确认为收入在一定程度上是有合理性的。但是，如果子公司与发包人（母公司）之间的合同签订存在不合法或不合理的情况，或者子公司并没有实际履行整改工作，只是单纯地获得了这笔扣款，那么将其确认为收入可能就不符合法律规定和会计原则。例如，如果母公司与子公司签订的合同是为了掩盖某些不正当的行为，或者子公司没有相应的资质和能力来承担整改工作，那么这种情况下的收入确认就是不合法的。